Πολλά ποτάμια και παραπόταμοι διαρρέουν τον Πόντο. Ποτάμια που πηγάζουν από τα βουνά του Πόντου και βοηθούσαν στην καλλιέργεια της γης. Η οποία ποτελούσε την κύρια απασχόληση των Ποντίων, ιδιαίτερα στις κοιλάδες και τα δέλτα των ποταμών.
Όλοι οι κύριοι ποταμοί του Πόντου εκβάλλουν στον Εύξεινο Πόντο
Άλυς ποταμός
Δυτικά εκτείνεται ο ποταμός «Άλυς» (τουρκικά Κιζίλ ή Ιρμάκ, δηλαδή κόκκινο ποτάμι). Το όνομα του ποταμού αναφέρεται και από τον Ηρόδοτο και από τον Θουκυδίδη. Ο Στράβων λέει ότι πήρε το όνομα του από το ορυκτό αλάτι που υπήρχε στις εκβολές του:
«Εισί εν τη Ξιμίνη άλλαι ορυκτών αλών, αφ΄ ών εικάζουσι ειρήσθαι Αλυν τον ποταμόν»
Ο «Άλυς» ποταμός είναι ο μεγαλύτερος ποταμός της Μικράς Ασίας με μήκος 1182 χιλιόμετρα και πηγάζει από τα όρια Πόντου, Μεγάλης Καππαδοκίας και Μικρής Αρμενίας. Διαρρέει Πόντο και Παφλαγονία και χύνεται στη Μαύρη θάλασσα ανάμεσα σε Αμισό και Σινώπη. Έχει κόκκινο χρώμα και αλμυρή γεύση, γιατί πηγάζει από έδαφος με κόκκινο χώμα και ορυκτό αλάτι.
Ο Άλυς ήταν για τους Πόντιους ό,τι ο ποταμός Νείλος για τους Αιγύπτιους
Τα ορμητικά νερά του άρδευαν την περιοχή και την έκαναν εύφορη, στις εκβολές του καλλιεργούσαν καπνά εξαιρετικής ποιότητος. Ρέει σχεδόν παράλληλα με τον Ευφράτη και κάνοντας μια τεράστια καμπή γυρίζει βόρεια μέσα από Φρυγία, Παφλαγονία και χύνεται στη θάλασσα.
Τα ψάρια του ήταν βασική τροφή των κατοίκων, από την αλιεία της Μύραινας παρασκεύαζαν το χαβιάρι, υπήρχαν και πάρα πολλές καραβίδες. Από την αρχαιότητα ακόμα, ο «Άλυς» ποταμός ήταν σύνορο λαών και φυσικό οχυρό.
Είναι γνωστή η ιστορία με τον Κροίσο, ο οποίος ήθελε να επεκταθεί πέραν του ποταμού. Έστειλε λοιπόν να πάρει χρησμό από το μαντείο: «Κροίσος Άλυν διαβάς μεγάλην αρχήν καταλύσει», με τη βοήθεια του Θαλή κατάφερε μεν να περάσει το ποτάμι, αλλά νικήθηκε τελικά από τους Πέρσες.
Ίρις και Λύκος ποταμός
Μικρότερους από τον «Αλυ» είναι ο «Ίρις» (γεσίλ ιρμάκ, πράσινο ποτάμι) πηγάζει από τον Αντίταυρο, διασχίζει την Αμάσεια και ενώνεται με τον «Λύκο» ποταμό (κελκίτ τσάι).
Περνάει από την Αμάσεια, την οποία χωρίζει στα δυο, ενώνεται με τον «Λύκο» και εκβάλλει στην πεδιάδα της Θεμισκύρας στον κόλπο της Αμισού. Ο «Λύκος» διαρρέει με το όνομα «Κελκίτ» τις περιφέρειες Κελκίτ, Χεριάνων και Νικοπόλεως.
Ο Φάσις ποταμός
Βορειότερα διαρρέει την Κολχίδα ο «Φάσις» ποταμός. Ο Αισχύλος τον θεωρεί «δίδυμον χθονός Ευρώπης και Ασίας τέρμονα», δηλαδή το όριο Ευρώπης και Ασίας.
Ο «Φάσις» μεταφέρει από την περιοχή της Κολχίδος, τα ριζά του Καυκάσου ψήγματα χρυσού. Στην κοίτη του ποταμιού απλώνουν προβιές που λειτουργούν σαν διηθητήρες του χρυσού. Επομένως στον πυρήνα του μύθου με το χρυσόμαλλο δέρας υπάρχει μια ιστορική αλήθεια.
Οι κάτοικοι συνέλεγαν τα ψήγματα χρυσού σε μεγάλο μήκος της διαδρομής του χρησιμοποιώντας δορές ζώων. Οι αυτόχθονες χρυσοθήρες αλληλοεξοντώνονταν πολλές φορές μεταξύ τους. Οι πληροφορίες των αρχαίων για χρυσό στην περιοχή υποκίνησε προφανώς το ταξίδι στην Κολχίδα που στόχευε στην κατάκτηση της χρυσοφόρου περιοχής. Πίσω από τους μύθους υπάρχει πάντα ένας ιστορικός πυρήνας και μια αλήθεια.
Όφις ποταμός
Την Τραπεζούντα διαρρέει ο «Πυξίτης» ή «Μυλοπόταμος» ή «Δαφνοπόταμος» των Ποντιακών δημοτικών τραγουδιών. Διαρρέει την μεγάλη κοιλάδα που ο δρόμος της οδηγεί τα καραβάνια σε Αρμενία και Περσία.
Μεταξύ Τραπεζούντας και Σουρμένων διαρρέει ο «Γημωράς» ποταμός
Ανατολικά της Τραπεζούντας μέσα σε δάση από βελανιδιές, καστανιές και οξιές απλώνεται ο ποταμός «Όφις». Ο οποίος πήρε το όνομα του από το φιδίσιο σχήμα του, αλλά και τα ψυχρά «σαν φίδι» νερά του. Το όνομα του ποταμού έδωσε την ονομασία στην περιοχή που λέγεται Οφία.
Οι κάτοικοι δεξιά του ποταμού μιλούσαν Τούρκικα, μάλλον εξισλαμίστηκαν πριν την άλωση, αριστερά από το ποτάμι μιλούσαν Ελληνικά, εξισλαμισμένοι και αυτοί όμως.
Άλλα ποτάμια του Πόντου
Ο «Άκαμψις» πηγάζει από την Αρμενία και χωρίζει την Τραπεζούντα και τη Λαζική από το βασίλειο της Γουρίας. Οι Τούρκοι τον λένε «τσορόχ» και είναι πλευστός. Το όνομα του οφείλεται στη μεγάλη του ορμητικότητα.
Δυτικά ρέουν ο «Άψαρος», ο «Πυξίτης» και ο «Πρύτανις». Μετά ακολουθούν οι ποταμοί «Αδιηνός», «Άσκουρος», «Ρίζιος».
Υπάρχουν και άλλα ποτάμια που πηγάζουν από τα βουνά του Πόντου, όπως ο «Θερμώδων» με τα άσπρα νερά. Οι Τούρκοι τον ονόμαζαν «τέρμεν» και ήταν ο χώρος γύρω από τον οποίο ζούσαν οι Αμαζόνες.
Σε κάποιες περιοχές του Πόντου, η στενή παραλιακή λωρίδα πλατύνεται δίνοντας γόνιμα, καλλιεργούμενα δέλτα ποταμών
Άλλα μικρότερα ποτάμια είναι ο «Οίνιος», ο «Μελάνθιος» και ο ποταμός «Κάνις». Ο οποίος διαρρέει ανατολικά την Αργυρούπολη, διασχίζει την Αρδασσα, στρέφεται δυτικά από το όρος Ζύγανα με το όνομα πια «Χαρσιώτης». Τον ρουν του Χαρσιώτη χρησιμοποιούσαν για μεταφορά ξύλων.